I 1883 grundlægger Hr. Eskildsen hvidtølsbryggeriet Klosterbryggeriet. Bryggeriet bliver placeret ved søbredden, Søgade 21, for at man kunne hugge is om vinteren til at holde øl og mineralvand kolde om sommeren. Virksomheden oplever mange turbulente år helt frem til 1933, hvor både produkter, ejere og navne skifter undervejs, og en brand hærger (1904/05). Firmanavnet skifter i 1907 til Silkeborg Bryghus.
Sodavandsfabrikken Neptun grundlægges i Søndergade i 1898. N.J. Nissen køber firmaet i 1907, hvorefter han to år senere flytter det til Vestergade.
I 1933 overtager N.J. Nissen Silkeborg Bryghus (Klosterbryggeriet) sammen med spritfabrikanten Kalhauge. Firmaerne havde forud for overtagelsen arbejdet sammen i mange år, så det var en naturlig udvikling på et frugtbart samarbejde. Den samlede virksomhed får navnet Silkeborg Bryghus og Neptun I/S. Det blev startskuddet til en længere periode med familien Nissens ledelse og ejerskab – tre generationer nåede at være en del af historien. Da Per R. Nissen, som anden generation af familien Nissen kom til at fungere som ejer og leder, tiltræder i 1943, udtræder spritfabrikant Kalhauge af ejerkredsen. Året efter køber P. R. Nissen mineralvandsfabrikken Carlsminde.
Efter år med vækst bliver bryghuset udvidet og moderniseret i 1964. 5 år senere påbegynder udflytningen til Hårup, en lille by blot 8 km fra placeringen i Vestergade, Silkeborg, som dog ligger lige ud til hovedvejen mellem Silkeborg og Aarhus. På den nye placering byggede ejerne et moderne bryggeri, med nymodens produktionsfaciliteter, så selskabet var klar til fortsat vækst. Først i 1977, hele 8 år efter starten på udflytningen, flytter bryggeriet fuldt ud til Hårup. Bygningerne, man forlader i Silkeborg Centrum, bliver ombygget til boliger.Undervejs i udflytningen, den 13. september 1973, køber De forenede Bryggerier (Carlsberg) hele selskabet. Prisen for selskabet holdes hemmelig. Den nye ejer gennemfører planerne for udflytningen til Hårup.
I 1981 køber ejerne bryggeriet Godthåb, en lokal konkurrent, som har rødder helt tilbage fra 1899.
Den 7. marts 1990 beslutter bestyrelsen for det samlede selskab at afvikle produktionen. Og blot to dage senere, beslutter bryggeriets samarbejdsudvalg at indstille driften allerede 1. juni samme år, mindre end 3 måneder efter beslutningen blev truffet.

Den 4. juni 2021 køber ejerkredsen bag Grauballe Bryghus A/S navnet Silkeborg Bryghus, hvormed det registreres som et søsterselskab til det eksisterende bryggeri. Silkeborg Bryghus har nu til huse på Hagemannsvej i Silkeborg, under samme tag som Grauballe Bryghus. Ejerkredsen bruger 7 måneder på at forberede relanceringen af Silkeborg Bryghus. Lige fra at sætte sig ind i historien for Silkeborg Bryghus, helt fra 1800-tallet og frem. Til at lancere det grafiske udtryk og ikke mindst ølbrygningen ud fra traditionerne.

I februar 2022 lanceres tre varianter under Silkeborg Bryghus, som alle er med respekt for den lokale historie om ølbrygning i Silkeborg. Alle tre varianter er let drikkelige specialøl, hvor det uden tvivl er en stor fordel med grundvand af allerhøjeste kvalitet. En kvalitet, som grundvandet under Silkeborg er kendt for, og som det nye Silkeborg Bryghus nyder godt af.

Øllet Brygges på Grauballe Bryghus