Ejby Bryggeri startede egentlig som et malteri tilbage i 1894. Grundlæggeren hed Erik Jørgensen. Ud over at lave malt, skar Erik Jørgensen tørv. I 1910 overtog brygger Jeppe Olsen virksomheden og begyndte at brygge ankerøl samtidig med at maltningen fortsatte. Øllet var dog tilsyneladende ikke af den bedste kvalitet og i 1930 stoppede ølbrygningen - midlertidigt.

I 1938 købte Johann Christiansen malteriet og han begyndte at brygge små mængder øl samtidig med at der blev oprettet et depot for hvidtøl fra Kongens Bryghus. Under krigen kørte Johann Christiansen rundt og solgte øl via en lille hestevogn, da der jo ikke var brændstof at få til biler.

Malteriet havde nu en produktion på op mod 1000 tdr. bygmalt pr. år, som fortrinsvis blev solgt til egnens hjemmebryggere. Der var stadig tørveproduktion og roesnitter til kaffeerstatning, som blev solgt til en grossist i Odense. I denne travle periode var der ansat 4-5 mand i tørreriet. I 1942 brændte begge tørreovnene, men nye blev hurtigt etableret.

Efter krigen måtte man have gang i nye initiativer og inspireret af en bror, der var brygger i Præstø, byggede Johan Christiansen om og installerede øltanke, således at han kunne brygge lyst og mørkt hvidtøl, der blev tappet på flaske. Bryggeriet var blandt de første på Fyn, der udskiftede de gamle træankre med 5 liters flaskerne (Stakitøl). Efter dagens arbejde kørte brygger Christiansen ud med øl til depoterne i Jordløse, Nr. Søby og Kattebjerg (ved Bogense). Han havde på dét tidspunkt 2 større lastbiler.

Bryggeriet havde i en kort periode depot for Svendborg Bryghus - fra 1953 for Slotsmøllen i Kolding og fra ca. 1960 for Thordal i Skive. I 1964 blev bryggeriet solgt til William Andersen Nymand. Maltfremstillingen ophørte i 1974 og 21. maj 1978 blev der for sidste gang brygget hvidtøl på Ejby bryggeri.