Bryggeriet blev grundlagt af Mikkel Borg Bjergsø og Kristian Klarup Keller i 2006. Fra 2007 blev det drevet af Mikkel Borg Bjergsø alene.
Samme år blev det kåret som årets danske mikrobryggeri af Danske Ølentusiaster. Det lå samtidig som nr. 5 på den internationale liste over verdens bedste bryggerier på øltestsiden Ratebeer. I 2016 ligger bryggeriet som nr. 3 på listen.
Mikkeller er et såkaldt nomadebryggeri, dvs det ejer ikke egne bryggerilokaler, men lejer i stedet bryggekedler på nogle af de bedste bryggerier verden over.
Mikkeller
